蒸發式冷凝器的冷卻水系統在長時間使用之后，水蒸發，造成水中的雜志含量濃度升高，微生物的繁殖等，會造成冷卻盤管表面的水垢增多，擋水板和鍍鋁鋅板表面的覆蓋雜質增多，造成冷卻效率降低，散熱滿，以及設備的腐蝕，降低蒸發式冷凝器的使用壽命。
 
       (1. 降低換熱的效率：蒸發式冷凝器的散熱主要是通過冷卻盤管向外傳遞熱量，在無垢的時候傳遞出來的熱量可以直接跟空氣和水進行熱交換，如果結垢嚴重，熱量還要透過水垢在把熱量傳遞給空氣和水。水垢的熱傳遞效率非常低，在時間內溫度降不下來，就會影響工業生產。
       (2.水垢腐蝕：冷卻盤管長期收到水垢的影響，不僅會影響散熱，還會腐蝕不銹鋼管或者是銅管。根據對比，在有水垢的時候比無垢的時候腐蝕速度可以提高2倍。
       (3.微生物腐蝕外殼：長期微生物生長迅速，會逐漸的覆蓋蒸發式冷凝器的內壁，微生物會提高雜志的凝聚狀態， 不僅難清理，還會產生弱酸性物質腐蝕外殼的內壁。長期使用，原本使用10年的蒸發式冷凝器就只能使用5年了。